药学是澳门英皇娱乐优势特色重点建设学科，2011年获一级学科硕士学位授权点，2014年获药学硕士专业学位授权点；硕士研究生培养已覆盖药物化学、药理学、药物分析学、药剂学、生药学、临床药学、社会与管理药学等全部二级学科，并依托临床医学招收博士研究生。博士研究生招生规模每年已达2—3名，硕士研究生招生规模每年达到30—39名。
多年来参与了三七、灯盏花、天麻、石斛等“云药”系列产品的产业化研究，主持完成了国家一类抗肿瘤新药“派乃克”、国家一类抗痛风新药“芒果苷”和国家六类治疗燥热型咳嗽新药“桑蝉止咳膏”的临床前研究，并全部实现了成果转化，为云南生物医药产业提供了重要技术支撑和积极贡献。
现有教育部药学实践教育基地、澳门英皇娱乐药物学高新技术创新人才培养基地，以及澳门英皇娱乐天然药物药理学研究创新团队、澳门英皇娱乐丁健院士工作站、澳门英皇娱乐药物政策研究中心、澳门英皇娱乐国际合作研究基地、澳门英皇娱乐高校药学重点实验室、中国科学院上海药物研究所-昆明医科大学天然药物研究联合实验室、澳门英皇娱乐天然药物药理重点实验室昭通天麻研究中心等高水平人才培养和科技创新平台，是澳门英皇娱乐药理学会理事长单位。