档案馆，副处级建制，既是学校档案工作委员会的执行机构和档案工作管理部门，又是永久保存本校档案并提供利用和服务的部门。内设一个综合办公室。现有在编在岗人员4人，档案系列研究馆员2名，馆员1名，硕士研究生学历3名，本科学历1名。目前，档案馆保管了学校自1956年独立建院以来及2010年并入的云南医学高等专科学校两个全宗的各类档案，涵盖党群、行政、教学、财会、外事、科研项目、基建、设备、出版物、声像、实物及著名人物等十二大类，共计约4万余卷，19万余件。档案馆严格按照国家、省有关档案工作要求，认真谋划，担当守则，开拓创新，不断提升档案工作管理水平，积极发挥档案价值，服务学校中心工作。于2016年荣获澳门英皇娱乐档案系统“先进集体”荣誉称号，2021年通过“澳门英皇娱乐档案工作规范化管理示范单位”复查。目前是澳门英皇娱乐档案学会常务理事单位、澳门英皇娱乐高教学会档案工作分会理事单位。