昆明医科大学在2022年学校学术委员会评审通过自主增列马克思主义理论一级学科硕士学位授权点，目前建有马克思主义基本原理，马克思主义中国化，思想政治教育三个学科方向，每个学科方向至少具有两名以上正高级职称教师作为学科带头人。

马克思主义基本原理方向从整体上研究马克思主义的科学体系，并运用马克思主义基本原理研究和解答社会热点、难点问题，深化对党的创新理论的认识。运用马克思主义的立场观点和方法分析和解读医疗卫生健康领域现实问题，突出医疗卫生健康领域治理体系和治理能力现代化研究，形成学科方向特色。主要为云南医疗卫生健康领域培养具有扎实马克思主义理论功底的高层次党政管理人才、及教学科研人才，在培养面向上形成比较优势。

马克思主义中国化方向主要研究马克思主义中国化的基本规律和主要理论成果，侧重习近平新时代中国特色社会主义思想的理论和实践问题研究。与现有的社会医学与卫生事业管理硕士点交叉融合，立足云南打造健康生活目的地，突出习近平健康战略思想及云南实施健康中国战略的理论和实践问题研究，形成学科方向特色。主要为云南实施健康中国战略培养具有扎实马克思主义理论功底的研究型人才，在人才培养的层次及特色上形成比较优势。

思想政治教育方向主要研究社会主义核心价值观融入医科院校思想政治教育的理论和实践问题。与现有应用心理学硕士点及医学人文学科交叉融合，研究医科院校思想政治教育共性和个性问题，突出医学生思想政治教育和医学人文教育融合研究，培养思想政治素质强、人文精神底蕴厚、能较好适应医科院校思想政治教育需要的高素质人才，形成学科方向特色。主要为云南医科院校培养思政课教师和辅导员，在人才培养专业化上形成比较优势。